土壤含锰量在 20～10000ppm之间，平均值为1000ppm。在岩石风化为土壤的过程中，锰既不因土壤淋溶而损失，也不会大量富集。例如玄武岩转化为土壤时，锰含量从每公斤岩石含1200毫克变为1300毫克。有人估算：对于未经耕作也未受污染的土壤，岩石风化每年输入每平方米土壤的锰为26毫克;降雨和降尘输入土壤的锰为0.8毫克，从土壤输往生物同从腐烂的枯枝叶输入土壤的锰，数量相当，为400毫克;淋溶从土壤输出约 2毫克;对于有中等污染而又耕作过的土壤来说，岩石风化输入的锰，数量不变，降水和降尘输入的锰增为20毫克，通过肥料输入的锰为5毫克，从土壤输往作物的锰为 5～60毫克。由此可以看出，除了自然循环以外，对土壤含锰量影响最大的是来自大气中的锰。
大气中的锰主要来源于冶炼锰、锰合金和使用锰的厂矿，锰会以气溶胶形态存在。当空气中的锰含量超过500微克/立方米，可造成工人职业性的锰中毒。从区域环境来说，大气中的锰含量，欧洲平均为0.043微克/立方米，北美为0.15微克/立方米，日本为0.08～0.6微克/立方米，意大利的米兰为1.3微克/立方米，北半球海洋上空为 0.0079微克/立方米，南半球海洋上空为0.00024微克/立方米，南极洲为0.00001微克/立方米。大气中锰的氧化物和其他金属氧化物一起，能在二氧化硫转化为硫酸或硫酸盐的反应中起催化作用。
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