湖泊对于人类的重要作用不仅是可以提供水源、渔产、发电，还可以防洪、灌溉、旅游等多种功能，其生物多样性保护具有非常特殊的地位和作用。生物多样性包括：遗传多样性、物种多样性和生态系统多样性三个层次。生物多样性是地球上生命经过几十亿年发展进化的结果，是人类赖以生存的物质基础。 然而，随着人口的迅速增长，人类经济活动的不断加剧，作为人类生存最为重要的基础的生物多样性受到了严重威胁。
围湖造田对湖泊水生生物多样性影响极大，近几十年的围湖造田已使濒危物种增加，鱼类趋于小型化，水生植被退化，水体污染。
长期的围湖造田导致湖泊面积逐渐缩小，加快了淡水生态系统的退化和生物多样性资源的衰减。围湖造田不仅直接破坏了湖区原有生态系统结构，也丧失了原始的湖滩环境，导致湖泊生物繁衍场所和湖滨带的功能丧失。围垦使湖盆面积和容积减小，湖泊的环境容量降低，湖滨带的环境连续性和生态稳定性遭到破坏，湖滩湿地面积缩小，从而削弱了湖滨带对入湖径流携带污染物的净化能力，周围农田、森林等的营养物质随降雨径流进入水体，加剧了湖泊污染，加快递形成富营养化。从而导致鱼类资源小型化，名贵种类灭绝。
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