当灌溉用水的重金属污染物达到一定的浓度，会对农作物造成危害。一般均表现为新根生长受抑制;作物叶片迅速卷曲，表现青叶症状，严重的受害植株枯死;叶脉间黄白化现象，特别是新叶叶脉间易缺绿，最终导致产量降低。
酚类污染物在工业废水和地面水体中广泛存在。用较高浓度含酚废水灌溉农田时，酚在作物体内积累，使产品食味恶化，带酚味，严重影响产品品质，对蔬菜表现更加明植物受酚的危害一般在较高浓度才影响生长，一般表现为植株矮小，根系发黑，叶片狭小，叶色灰暗，养分和水分的吸收受到抑制，光合作用受到影响，产量降低。
污水中的氟化物对植物的发芽、生长发育均会产生不良影响，使产品含氟量增高，其中玉米对氟表现尤为敏感。
污水中的矿物油等油类污染物通过灌溉水进入农田后，对作物能产生直接危害。在水田，油漂浮于水面，能使作物体内代谢发生障碍，叶片卷曲，数日后低位叶尖端变褐色，心叶黄白色，严重时使植株枯萎。
污水中的酸碱污染物影响，含酸废水进入农田，可使水田土壤表面呈赤褐色，使水稻吸收铁过多从而产生营养障碍。水稻受碱性废水危害时，叶色浓绿，地上部生长受抑制，引起缺锌症状，发育停滞，叶片出现赤枯状斑点。
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