由于医疗废物具有全空间污染，急性传染和潜伏性污染等特征，其所含有的微生物的危害性是普通生活废物的几十、几百甚至上千倍，如处理不当，会成为医院感染和社会环境公害源，更严重可成为疾病流行的源头。
暴露在外未处理的医疗垃圾会对水体产生污染，医疗垃圾携带的病原体、重金属和有机污染物经雨水和生物水解产生的渗滤液作用，可对地表水和地下水造成严重污染。垃圾渗滤液中的重金属在降雨的淋溶冲刷作用下进入土壤，导致土壤重金属累积和污染。对医疗垃圾处理不当还可对环境造成二次污染。
医疗废物还会对大气产生污染，医疗废物中含有不同程度的细菌、病毒和有害物质，而且废物中的有机物不仅滋生蚊蝇造成疾病的传播，并且在腐败分解时释放出的氨气(NH3)、硫化氢(H2S)等恶臭气体，生成多种有害物质，污染大气，其中垃圾分解散发的多氯联苯、二恶英等，均是致癌物，严重危害人体健康;同时也是造成医院内交叉感染和空气污染的主要原因，由医疗废物引起的交叉感染占社会交叉感染率的20%。
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