水污染物排放总量控制制度，是指在特定的时期内，综合经济、技术、社会等条件，采取通过向排污源分配水污染物排放量的形式，将一定空间范围内排污源产生的水污染物的数量控制在水环境容许限度内而实行的污染控制方式及其管理规范的总称。这种控制方法是针对水污染物浓度控制存在的缺陷(没有将污染源的控制和削减与当地的水环境目标相联系，区域内各排放单位排放的污水只要达到国家或地方规定的排放标准，就可以合法排放了)，在污染源密集情况下无法保证水环境质量的控制和改善提出来的，它比浓度控制方法更能满足环境质量的要求，对水污染的综合防治、协调经济与环境的持续发展具有积极、有效的作用。
根据水污染防治法规定，重点污染物排放总量控制制度包括以下四方面内容：
(一)适用的范围是实现水污染物达标排放后仍不能达到国家规定的水环境质量标准的水体。如果尚未实现达标排放或者实现达标排放后能够达到水环境质量标准，就不需要实施重点污染物排放总量控制制度。同时，这种控制方法是针对某一水体实施，而不是在某一地区普遍实施。
(二)总量控制的对象是“重点污染物”的排放。这里讲的“重点污染物”是指造成某一水体污染的主要污染物。因各地的排污情况不同，重点污染物的控制也有所不同。
(三)有权实施重点污染物排放总量控制制度的机关是省级以上人民政府。总量控制制度是一项重大措施，涉及的问题也比较复杂，法律规定只有国务院和省、自治区、直辖市人民政府才有权实施总量控制制度，具体办法由国务院规定。
(四)实施总量控制的途径是对有排污量削减任务的企业实行重点污染物排放量的核定制度。也就是说，对这些企业要按照总量控制的要求分配排污量，超过所分配的排污量的，要限期削减，其排污量的多少，要依照国务院的规定进行核定。这里讲的“核定”就是为实现区域总量控制目标，将总量落实到工业污染源的一项管理制度。
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