一是司法机关和乡镇政府要加强对农村基层调解组织的业务指导，强化基层调解，充分发挥基层调解组织在调解农村土地纠纷中的作用。
二是建立和完善县级土地仲裁工作机构，充分发挥土地仲裁机构的作用。
三是加强司法部门在涉及农村土地承包纠纷案件的审理中的监督，体现司法公正，严厉打击土地纠纷中的不法行为，保障村民和村集体等利益主体的合法权益。
四是强化农村法制宣传工作，提高农民的法律意识和法制观念，自觉守法、护法，使其自觉运用法律武器保护自身的合法权益，从而有效防止各种土地矛盾纠纷的发生。
解决农村土地纠纷的一个好办法是因地制宜。在农村，无论是村民之间还是村民与村集体之间发生的土地纠纷，大部分是一些鸡毛蒜皮的小事，尤其是村民之间的土地纠纷，多是为了地邻之间某家多种了一垄半垄、某家地边过了一点界、甚至于某家拔草时往自家地里扔了一把草。
对于类似这种气死公安、难死法院的纠纷，一板一眼地管，根本没法管;如果不管，为了争一口气，村民之间的纠纷又往往会升级为与土地相关的案件甚至刑事案件。这样的案件看起来简单，但如果只是就事论事地解决却不简单。解决这样的纠纷的根本原则是因地制宜、切合农村实际。如果完全死搬硬套政策与法律，解决起来就会很复杂。只有了解纠纷的内在原因和当事人纠纷以外的原因，调动村级因素尤其是地缘和人缘因素，以合情合理、大致均衡、顾及双方面子为目标才容易化复杂为简单，解决纠纷，平息矛盾。
1、申请
当事人直接向争议土地所在地的县局或镇国土所提出书面申请的，提交下列材料。
（1） 申请书应载明以下事项；a、申请人和被申请人的姓名或名称、地址、邮政编码、法定代表人姓名和职务。b、请求的事项和理由。
（2）有关证据材料及证人的姓名、工作单位、住址、邮政编码。
（3）委托代理人的，应提交授权委托书，授权委托书应写明委托的事项和权限。
2、审查
国土局、国土所审查，认为不应当受理的，7日内拟定不予受理建议书，报县国土局，县、镇人民政府作出不予受理决定（或政府授权，由县国土局作出）。当事人对不予受理决定不服的，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。
3、 受理
在决定受理之日起5个工作日内将申请书副本发送被申请人，被申请人应当在接到申请书副本之日起30日内提交答辩书和有关证据，逾期不提交的，不影响案件的处理。
（一）土地侵权纠纷的解决方法：
1、侵权纠纷的解决，当事人可以申请行政调处，也可以直接向人民法院提起民事诉讼；2、侵权纠纷不受行政处理后30日的诉讼时效的限制；3、在侵权纠纷中，被侵权人对行政调处不服的，应以侵权人为被告提起民事诉讼。
注意：土地侵权行为适用民法中一般侵权行为的规定，所以，关于侵权争议的处理结果：1、侵权人应退还土地；2、因侵权人主观上有过错的，侵权人在土地上营建的建筑物或其他设施应当归属于被侵权人；3、被侵权人要求侵权人拆除其非法营建的建筑物或其他设施的，侵权人负有拆除义务；4、侵权人除承担上述民事责任外，依法还应当承担其他行政责任或刑事责任的，按有关法律、法规的规定执行。
（二）土地权属争议的解决方式：
由于在上世纪80年代以前的计划经济时期，农村管理体制多次变动，从土改到合作化到联产承包责任制，期间合了分，分了又合，因而山林权属纠纷案件复杂，时间跨度大，牵涉面广，取证难，结案难，历史遗留问题多。所以，对山林权属纠纷的处理，一定要慎之又慎，如处理稍有不慎，必将影响地方的稳定和经济发展，在之前的呈子、李家园等村关于林地争议当中，由于村民不懂法，曾发生过一村村民私自扣押另一村村民做人质的违法事件。
由于绝大部分山林权属纠纷历史情况较为复杂，从申请人申请调处到最终确定权属，难免会出现问题，其中每个环节都可能对最终的确权造成影响，所以应做到：
要注重历史与现实的统一性。农村山林权属纠纷的产生，一般来说既有历史原因，又有现实因素，两者都不能忽视。如何妥善处理好这个关系，对各级人民政府来说是十分重要的。尊重历史，就是要对引起争议的历史因素进行全面的客观分析，哪些是可以依据的，哪些是不能依据的，都应该有十分明确的判断。但是尊重历史又不能割断现实，要充分考虑现实因素。只有这样，才能对争议作出客观、公正的处理。
土地侵权纠纷是指有关土地权利受到侵犯而引起的争议。国有土地所有权、集体土地所有权、国有土地使用权、集体土地使用权及土地他项权利受到侵犯而引起的争议。土地共用国土资源部2007年底出台的《土地登记办法》第八条 “两个以上土地使用权人共同使用一宗土地的，可以分别申请土地登记”。这就为共有土地使用权确权和登记发证提供了依据。
《中华人民共和国土地管理法》第十六条规定，发生土地权属争议的，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。即当事人之间发生土地权属争议，经协商不能解决的，可以依法向县级以上人民政府或者乡级人民政府提出处理申请，也可以向有关的国土资源行政主管部门提出调查处理申请。受理土地权属争议处理申请的政府或主管部门，应当在查清事实、分清权属关系的基础上先行调解，促使当事人以协商方式达成协议。如果调解未达成协议的，受理部门应当及时作出处理决定。当事人对受理部门作出的处理决定不服的，可以依法申请行政复议或者提起行政诉讼。
第一条 为依法、公正、及时地做好土地权属争议的调查处理工作，保护当事人的合法权益，维护土地的社会主义公有制，根据《中华人民共和国土地管理法》，制定本办法。
第二条 本办法所称土地权属争议，是指土地所有权或者使用权归属争议。
第三条 调查处理土地权属争议，应当以法律、法规和土地管理规章为依据。从实际出发，尊重历史，面对现实。
第四条 县级以上国土资源行政主管部门负责土地权属争议案件(以下简称争议案件)的调查和调解工作；对需要依法作出处理决定的，拟定处理意见，报同级人民政府作出处理决定。
县级以上国土资源行政主管部门可以指定专门机构或者人员负责办理争议案件有关事宜。
第五条 个人之间、个人与单位之间、单位与单位之间发生的争议案件，由争议土地所在地的县级国土资源行政主管部门调查处理。