时效制度是指权利受到侵害的权利人在法定的时效期间内不行使权利，当时效期间届满时，人民法院或仲裁委员会对权利人的权利不再进行保护的制度。时效制度意在督促权利人及时行使自己的权利，不及时行使权利的，将视为对自己权利的放弃。也就是说，只有权利人要求义务人履行义务的情形，才适用时效制度。
而确认劳动关系，是确认职工与用人单位是否存在法律关系，是劳动仲裁委员会在职权范围内，对双方法律关系是否存在进行裁决，是对一种事实的确认，不涉及实体权利义务纠纷的处理，故申请确认事实劳动关系不适用时效制度，申请人可以随时向劳动争议仲裁部门提出确认事实劳动关系的仲裁申请。
《劳动争议调解仲裁法》第二十七条第一款规定：
“劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。”根据这条规定可以得知，只有实体权利受到侵害而发生劳动争议，申请人主张权利时，才适用仲裁时效制度。而确认事实劳动关系，只是对一种事实或状态的确认，不存在 “权利被侵害”的情况，故不适用仲裁时效制度。
企业与员工不存在劳动关系，只能通过事实来证明，如果有证据不符合事实也是无效的。用人单位招用劳动者未订立书面劳动合同，但同时具备下列情形的，劳动关系成立。
确认不存在劳动关系
1、用人单位和劳动者符合法律、法规规定的主体资格；
2、用人单位依法制定的各项劳动规章制度适用于劳动者；
3、劳动者提供的劳动是用人单位业务的组成部分。
怎么确认劳动关系
1、用人单位和劳动者符合法律、法规规定的主体资格；
2、用人单位依法制定的各项劳动规章制度适用于劳动者，劳动者受用人单位的劳动管理，从事用人单位安排的有报酬的劳动；
3、劳动者提供的劳动是用人单位业务的组成部分。
用人单位未与劳动者签订劳动合同，认定双方存在劳动关系时可参照下列凭证：
1、工资支付凭证或记录(职工工资发放花名册)、缴纳各项社会保险费的记录；
2、用人单位向劳动者发放的“工作证”、“服务证”等能够证明身份的证件；
3、劳动者填写的用人单位招工招聘“登记表”、“报名表”等招用记录；
4、考勤记录；
5、其他劳动者的证言等。
其中，1、3、4项的有关凭证由用人单位负举证责任。