但是食用过量的硒也是可以引起中毒的，表现为头发变干变脆、已易脱落，指甲变脆、有白斑及纵纹、易脱落，皮肤损伤及神经系统异常，严重者死亡。工厂车间中含硒的粉尘、烟雾和蒸汽，会刺激人眼和呼吸系统，使人流泪、喷嚏、鼻腔充血、咳嗽等，严重时则会引起舌苔增厚，呼吸和出汗时有大蒜味，胃肠功能紊乱等。动物实验表明，亚急性中毒会引起肺炎、肝肾功能退化。试验表明，硒可使老鼠发生肝癌。接触亚硒酸时，皮肤和粘膜会受到强烈刺激或发生炎症。亚硒酸和亚硒酸盐能被皮肤吸收进入体内积累。氯化氧硒是剧烈的糜烂性毒剂，能造成皮肤三度烧伤。二甲基硒能使人患急性咽喉炎和肺炎。
岩石中的硒会通过风化作用释放到土壤和水源中，煤炭和石油燃烧也会将硒(主要是氧化硒)释放到大气中。此外，来自硒生产和加工工厂的硒粉尘和含硒废料也会进入土壤和大气中，而人类在农业生产中所使用的含硒肥料也会导致土壤中硒含量的升高。
土壤中硒的含量会受到成土母质、成土过程、土壤质地、土壤有机质、人为因素、气候条件等因素影响。若土壤缺硒，牧草含硒量过低，牲畜会出现肌肉萎缩、肝坏死、不育症、发育不良等病症。但在富硒地区牧草含硒量过高，动物会出现脱毛、贫血、心脏萎缩、肝硬化、中毒等病症。
土壤中的硒是植物硒的主要来源，能被植物吸收利用的硒主要包括部分有机硒、硒酸盐和亚硒酸盐。植物对土壤中硒的吸收与植物种类、土壤含硒量、土壤质地、PH值、土壤水分含量、盐度等因素有关。硒具有抗真菌病害、拮抗环境毒害、抗氧化、调节叶绿素合成的作用，能够促进植物生长，提高农作物品质。过量的硒则会对植物生长产生毒害作用，大部分植物出现中毒现象，生长及生理活动受到抑制。
土壤生物修复是指利用土壤中的各种生物，植物、动物和微生物吸收、降解和转化土壤中的污染物，使污染物含量降低到可接受的水平，或将有毒有害的污染物转化为无害的物质。
1.硒的生物甲基化被认为是一种最有效的影响土壤中硒的移动性和毒性的方法。通过微生物对硒的甲基化过程，土壤中的有毒无机态硒转化为无毒的挥发态硒，主要是二甲基硒，消除了土壤硒过量的污染
2.十字花科植物，花椰菜和芥菜类能比其他作物累积更多的硒。在种植印度芥菜的第一年和第二年可使土壤中的全硒减少48%和13%。可见,印度芥菜具有较高的吸收和累积硒的能力。一些农作物如水稻、花椰菜、卷心菜、胡萝卜、大麦和苜蓿等及一些水生植物也有较强的吸收并挥发土壤硒的能力。
预防硒污染最切实可行的办法是国家相关部门应该加强监管，从硒开采到应用直至废弃的全过程实施监控。关停排放不达标企业，淘汰落后产能。此外煤和石油中也含有硒，在使用这类化石能源的时候，会向大气中释放硒污染。因此，还应减少煤和油的燃烧，选择有效控制硒排放的措施。在农业生产中合理的使用含硒肥料，定期进行监控，防止硒含量过高。
当土壤硒污染已经发生后，可以使用土壤生物修复法进行治理。
1.硒的生物甲基化被认为是一种最有效的影响土壤中硒的移动性和毒性的方法。通过微生物对硒的甲基化过程，土壤中的有毒无机态硒转化为无毒的挥发态硒，主要是二甲基硒，消除了土壤硒过量的污染
2.十字花科植物，花椰菜和芥菜类能比其他作物累积更多的硒。在种植印度芥菜的第一年和第二年可使土壤中的全硒减少48%和13%。可见，印度芥菜具有较高的吸收和累积硒的能力。一些农作物如水稻、花椰菜、卷心菜、胡萝卜、大麦和苜蓿等及一些水生植物也有较强的吸收并挥发土壤硒的能力。