传统的无公害豆芽是指黄豆芽，后来市场上逐渐开发出绿豆芽、黑豆芽，豌豆芽、蚕豆芽等新品种。虽然豆芽菜均性寒味甘，但功效不同。绿豆芽容易消化，具有清热解毒、利尿除湿的作用，适合湿热郁滞、口干口渴、小便赤热、便秘、目赤肿痛等人群食用。黄豆芽健脾养肝，其中维生素B2含量较高，春季适当吃黄豆芽有助于预防口角发炎。黑豆芽养肾，含有丰富的钙、磷、铁、钾等矿物质及多种维生素，含量比绿豆芽还高。豌豆芽护肝，富含维生素A、钙和磷等营养成分，蚕豆芽健脾，有补铁、钙、锌等功效。
无公害黄豆芽的蛋白质利用率较黄豆要提高10%左豆芽右。另外，黄豆在发芽过程中，由于酶的作用，更多的钙、磷、铁、锌等矿物质元素被释放出来，这又增加了黄豆中矿物质的人体利用率。黄豆生芽后天门冬氨酯急剧增加，发现豆芽中含有一种干扰素生剂，能诱生干扰素，增加体内抗生素，增加体内抗病毒、抗癌肿的能力。
中医认为，无公害绿豆芽其性凉、味甘无毒，能清署热、调五脏、解诸毒、利豆芽尿除湿，可用于饮酒过度、湿热郁滞、食少体倦。高血压和冠心病患者，夏季可常食素炒绿豆芽。民间用绿豆芽同鲫鱼炖服，治乳汁不下。绿豆芽榨汁，加白糖代茶饮，治尿路感染、小便赤热、尿频等症。
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