事故原因：
1.事故的直接原因：驾驶人吕富华在限速40公里/小时的路段上，在雨天路面湿滑的条件下，驾驶大客车进入嘉陵江石门大桥南引桥右转弯时，未降低行驶速度，车辆后轮出现向左侧滑，因处置不当，车辆冲上人行道，撞坏护栏，坠落引桥下，导致事故发生。
2.事故的主要原因：
一是利民公司安全管理混乱，安全规章制度不落实。对运营车辆“以包代管”，没有纠正和处理承包人及驾驶人员的违法违规行为。
二是重庆市公路运输(集团)公司未履行出资人的权利和义务，对公运利民公司管理不力。对利民公司有关人员不认真履行安全管理职责的问题失察。
三是重庆市交通运输控股(集团)有限责任公司对本公司安全工作机构和重庆市公路运输(集团)公司履行安全生产管理职责督促检查不力，工作失察。
四是重庆市道路运输管理局对主城区客运安全管理不到位。对上述运输企业管理混乱“以包代管”等问题失察。
事故处理：
对事故责任人员的处理肇事车辆驾驶人吕富华已在事故中死亡，不再追究责任。对事故发生负有主要责任移交司法机关处理4人：
1.吕嘉，事故车辆承包人吕建国的代理人、驾驶人。没有认真履行承包代理人的责任，明知吕富华驾车造成“3.31”重大道路交通事故且负有同等责任后，违反有关规定继续聘用吕富华，对事故发生负有主要责任。
2.杨宗义，公运利民公司安全科负责人。没有认真履行安全管理职责，明知吕富华驾车造成“3.31”重大道路交通事故且负有同等责任后，未向公司提出处理意见，对事故发生负有主要责任。
3.张焘，公运利民公司总经理，安全生产工作的主要负责人。没有认真履行安全管理职责，明知吕富华驾车造成“3.31”重大道路交通事故且负有同等责任后，未进行处理(应解聘)，对事故发生负有主要责任。
4.张雷，公运利民公司董事长。对运营车辆的安全生产工作“以包代管”，造成对驾驶人员的管理失控，对事故的发生负有主要责任。
给予党纪、政纪处分9人。其中：
1.汤传明，重庆市公路运输(集团)公司总经理、党委委员，公司安全生产委员会主任。对事故发生负有主要领导责任。给予撤职、撤销党内职务处分。
2.曾祥普，1994年至2006年6月任重庆市公路运输(集团)公司总经理、公司安委会主任;2006年6月后任重庆市交通运输控股(集团)有限责任公司董事长、党委书记、安全生产委员会主任。对事故发生负有主要领导责任。给予降级、党内严重警告处分。
3.陈炜，重庆市公安局交警总队第八支队干警，负责交通事故处理工作。陈炜在处理吕富华“3.31”重大交通事故时，当时扣留了吕富华的驾驶证及肇事车辆。但在没有对此起事故作出认定的情况下，违反规定，于2006年4月4日私自将肇事车辆发还吕富华营运。弄虚作假，擅自将事故档案中的放车时间改写为2006年5月1日，使之与送达车辆技术检验鉴定书复印件时间相吻合，对此负有主要责任。给予降级处分。
4.何平，重庆市公安局交警总队第八支队支队长、党支部副书记。对陈炜违规私自将渝B41067客车放行，擅自改写事故档案的错误行为失察，对此负有重要领导责任。给予记大过、党内警告处分。