自然因素
数千年前或者更远年代，自然界的许多湖泊处于贫营养状态。然而，随着时间的推移和环境的变化，湖泊一方面从天然降水中吸收氮、磷等营养物质；另一方面因地表土壤的侵蚀和淋溶，使大量的营养元素进入湖内，湖泊水体的肥力增加，大量的浮游植物和其他水生植物生长繁殖，为草食性的甲壳纲动物、昆虫和鱼类提供了丰富的食料。当这些动植物死亡后，它们的机体沉积在湖底，积累形成底泥沉积物。残存的动植物残体不断分解，由此释放出的营养物质又被新的生物体所吸收。
因此，富营养化是天然水体普遍存在的现象。但是在没有人为因素影响的水体中，富营养化的进程是非常缓慢的，即使生态系统不够完善，仍需至少几百年才能出现。一旦水体出现富营养化现象，要恢复往往是极其困难的。这一结果往往导致湖泊沼泽草原森林的变迁过程。
富营养化是一种氮、磷等植物营养物质含量过多所引起的水质污染现象。在自然条件下，随着河流夹带冲积物和水生生物残骸在湖底的不断沉降淤积，湖泊会从平营养湖过渡为富营养湖，进而演变为沼泽和陆地，这是一种极为缓慢的过程。但由于人类的活动，将大量工业废水和生活污水以及农田径流中的植物营养物质排入湖泊、水库、河口、海湾等缓流水体后，水生生物特别是藻类将大量繁殖，使生物量的种群种类数量发生改变，破坏了水体的生态平衡。
富营养化会影响水体的水质，会造成水的透明度降低，使得阳光难以穿透水层，从而影响水中植物的光合作用，可能造成溶解氧的过饱和状态。溶解氧的过饱和以及水中溶解氧少，都对水生动物有害，造成鱼类大量死亡。同时，因为水体富营养化，水体表面生长着以蓝藻、绿藻为优势种的大量水藻，形成一层“绿色浮渣”，致使底层堆积的有机物质在厌氧条件分解产生的有害气体和一些浮游生物产生的生物毒素也会伤害鱼类。因富营养化水中含有硝酸盐和亚硝酸盐，人畜长期饮用这些物质含量超过一定标准的水，也会中毒致病。
氮、磷是水体富营养化的主要原因，控制了氮、磷也就是基本上控制了水体的富营养化。
1、氮的控制 ，在养殖前期，水体中氮含量一般都较低，水体处于贫营养状态，为保持水色和一定的透明度，维持菌相和藻相平衡，有时候需要加入一定量的氮（施肥）。但是到了养殖中后期，水体中氮水平急剧升高，水体进入富营养化状态，为消除多余的氮，有效的办法是向水体定期投放芽孢杆菌类产品 ，加强水体的氨化、硝化、反硝化能力。
2、磷的控制，磷在水体中以可溶性磷和不溶性磷二种形态存在。只有可溶性磷才能被藻类吸收，将水体中可溶性磷转化生成不溶性（或微溶性）磷，是防治水体富营养化的有效办法。在养殖中后期定期向水体投放生石灰，能使可溶性磷生成不溶性的磷酸盐[Ca5(OH)(PO4)3]。投放生石灰一般每15天～30天一次，每天每亩10kg～20kg不等。
天然水体中由于过量营养物质(主要是指氮、磷等)的排入,引起各种水生生物、植物异常繁殖和生长。这种现象称作水体富营养化。
水体富营养化为什么会造成水质恶化?
在地表淡水系统中,磷酸盐通常是植物生长的限制因素，而在海水系统中往往是氨氮和硝酸盐限制植物的生长以及总的生产量。导致富营养化的物质，往往是这些水系统中含量有限的营养物质，例如，在正常的淡水系统中磷含量通常是有限的，因此增加磷酸盐会导致植物的过度生长，而在海水系统中磷是不缺的，而氮含量却是有限的，因而含氮污染物加入就会消除这一限制因素，从而出现植物的过度生长，生活污水和化肥、食品等工业的废水以及农田排水都含有大量的氮、磷及其他无机盐类.天然水体接纳这些废水后，水中营养物质增多，促使自养型生物旺盛生长,特别是蓝藻和红藻的个体数量迅速增加，而其他藻类的种类则逐渐减少.。水体中的藻类本来以硅藻和绿藻为主，蓝藻的大量出现是富营养化的征兆，随着富营养化的发展，最后变为以蓝藻为主。这就形成了赤潮。