据介绍，土壤病害的治理应以农业防治、物理防治、化学防治和生物防治等的综合防治为最佳途径，任何一项措施应考虑的核心问题是土壤中病原菌和有益生物的平衡，任何破坏这一平衡的措施都可能导致灾难性后果。
一、农业防治
(1)选用抗病品种
(2)合理轮作换茬 水旱轮作可有效防治土传病害。但在北方由于缺水和采用固定结构的设施栽培，以及采用集约化种植方式，很难水早轮作。蔬菜作物最好与禾本科作物轮作，而避免与葫芦科、豆科等作物轮作。
(3)深翻：深翻通常要达到50cm以上才有效。结合深翻，增施有机肥，这是一项有效的措施。
(4)堆沤：把蔬菜残体加人鲜鸡粪、鲜牛粪等有机肥，与玉米、小麦等作物秸秆混合后盖上塑料膜。堆沤过程中产生的高温及异硫氰酸甲酯可杀死土壤病原菌、线虫等。
病害一：根结线虫
线虫主要以雌成虫在根结内排出的卵囊团随病残体在保护地土壤中越冬。主要通过病土、病苗、浇水和农具等传播。土温20～30℃，湿度40%~70%条件下线虫繁殖很快，容易在土内大量积累。一般地势高躁、土质疏松，及缺水缺肥的地块或棚室发生较重，通常温室重于大棚，大棚又重于露地。此外，重茬种植发病较重。
病害二：土壤污染
由于农业系统外的'三废'污染，农业系统内的过量使用化肥、农药、农膜的残留污染，未经处理的有机肥污染，以及有害病原物污染，时常会进入耕地土壤。当这些污染物残留累积超出土壤自净化能力后就会'溢出'，直接造成耕地土壤的重金属、有机化合物和致病生物污染。耕地土壤被污染后，就会破坏土壤生态平衡，使土壤有益生物大量死亡，土壤生物种群减少，土壤理化生物性质恶化，土壤活性下降，土壤功能变差，严重污染者会使土壤丧失生产能力，失去农业利用价值。
1.耕作层变浅原因
在长期不深耕深松和机械耕作碾压、践踏条件下，耕地土壤耕作层由过去的20～30公分变为15公分左右，加之降雨、灌水沉实，“犁底层”位置上移并加厚，成为坚硬深厚的阻隔层，阻碍土壤水分、养分和空气的上下运行，阻碍作物根系下扎延伸，土壤蓄水减少，抗旱性能下降，土壤养分有效性和作物营养状况恶化。
2.土壤有机质减少原因
一是长期不施或少施农家肥，缺少秸秆还田，不种植绿肥，土壤有机质得不到补充;
二是超量施用化学氮肥，以及超出土壤负荷的高产，频繁的表土耕翻，则加剧了土壤碳的耗竭，致使土壤有机质含量减少。土壤有机质减少会引发土壤结构破坏和土壤板结，土壤肥力下降，土壤理化和生物性质恶化，土壤酸化和次生盐碱化，土传病害加剧，土壤净化能力减退等。
1、水稻纹枯病
纹枯病主要以菌核在土壤中越冬，也能以菌丝体和菌核在病稻草和其它寄主残体上越冬。带菌谷种和病稻草是白叶枯病菌主要初侵染源，其它还有再生稻、稻桩、杂草等。
2、小麦全蚀病
小麦全蚀病属于土传病害，可以菌丝体在土壤中和粪肥中越冬。小麦包囊线虫主要土壤传播，病原线虫主要以包囊在土壤中越冬。
3、玉米大斑病
玉米大斑病、小斑病以菌丝体在土壤中越冬。玉米茎基腐病是土传病害，禾谷镰孢和腐霉菌分别以菌丝、分生孢子和卵孢子在病株残体上或土壤中越冬。
4、大豆根腐病
大豆根腐病由多种病原菌感染，根部和茎基部受害。主要有四种：链孢菌根腐病、丝核菌根腐病、腐霉菌根腐病、疫霉菌根腐病。
5、棉花立枯病
立枯病病菌主要以菌丝体和菌核在土壤中或病残体上越冬，较少以菌丝体潜伏在种子内越冬线虫在土壤中完成生活循环。棉苗红腐病病菌随病残体或在土壤中腐生越冬，病菌产生的分生孢子和菌丝体成为翌年的初侵染源。
据了解，土壤病和土传病害并不是一样的。“土壤病”是由于土壤自身不健康引起农作物不能正常生长;而“土传病害”则是因为各种病源菌在土壤中生存或寄生并通过土壤传播给农作物所发生的病害。
对于“土传病害”咱们可以通过药剂防治、轮作等措施来防治，但是如果土壤出了问题，最直接的办法是使用土壤调节剂来治理土壤。但是土壤调节剂也有很多注意事项：
1、土壤调节剂的种类有很多，作用也大不相同，所以在选择土壤调节剂的时候要根据自家地块的情况选择合适的品种，这样才能针对性改善土壤环境。
2、土壤调节剂并不是肥料(目的是为了改善土壤结构)，所以在使用的时候要配合常规肥料使用。
3、土壤调节剂的使用也要根据土壤的恶化情况来判断，不能过度使用，不然的话会导致土壤走向另一个极端，同样会造成“土壤病”!