芸豆花叶病毒病，病原为CMV(黄瓜花叶病毒),TMV(烟草花叶病毒)。菜豆病毒病有多种表现型，如花叶斑驳型、卷叶萎缩型、明脉皱缩型等，其中以花叶斑驳型最为常见。
一、发病规律
主要靠蚜虫传毒，高温干旱、排水不良、氮肥过量、土壤粘重等条件均利于发病。
二、防治方法
1、防治蚜虫
蚜虫是病毒病的主要传播媒介，积极防治蚜虫是预防病毒病的有效方法。有条件时可覆盖防虫网。
2、药剂防治
可用病毒A可湿性粉剂500倍液，或0.5%抗毒剂1号水剂300倍液，或20%病毒净500倍液，或20%病毒A500倍液，或20%病毒克星可湿性粉剂500倍液，或5%菌毒清水剂500液，或20%病毒宁500倍液，或抗病毒可湿性粉剂400～600倍液，或1.5%的植病灵乳剂1000倍液等药剂喷雾。每隔5～7天喷1次，连续2～3次。
芸豆炭疽病，幼苗发病，子叶上出现红褐色近圆形病斑，凹陷成溃疡状。幼茎上生锈色小斑点，后扩大成短条锈斑，常使幼苗折倒枯死。成株发病，叶片上病斑多沿叶脉发生，成黑褐色多角形小斑点，扩大至全叶后，叶片萎蔫。茎上病斑红褐色，稍凹陷，呈圆形或椭圆形，外缘有黑色轮纹，龟裂。潮湿时病斑上产生浅红色粘状物。果荚染病，上生褐色小点，可扩大至直径1厘米的大圆形病斑，中心黑褐色，边缘淡褐色至粉红色，稍凹陷，易腐烂。
芸豆炭疽病防治方法：
1、选播无病种子和搞好种子处理。
2、加强田间管理，改进栽培技术。
3、实施药剂防治，田间发现病株后及时喷药。
常用药剂如下：
75%百菌清可湿性粉剂600倍液；50%多菌灵可湿性粉剂500倍液；50%甲基托布津可湿性粉剂500倍液；70%代森锰锌可湿性粉剂500倍液；80%炭疽福美可湿性粉剂500倍液；70%甲基托布津可湿性粉剂800倍液加75%百菌清可湿性粉剂800倍液等。一般隔5-7天喷1次药，连喷2-3次。喷药要周到，应特别注意叶背面，喷药后遇雨应及时补喷。
落花落荚是芸豆经常遇到的生理性病害，这样芸豆花期管理就非常重要：
第一、要控温，芸豆不喜欢高温，较高的温度常致使芸豆枝蔓徒长、落花落荚，而春季棚内温度较高，若不注意通风，则芸豆的开花坐果率一定不会很高，即使坐住后，同样会发生落花落果，一般情况下，芸豆花期最适合的温度为20~24度，低于24度坐果率下降，高于28度时，高温干旱，湿度不够，会出现严重的落花落荚。
第二、要控水，花期浇水会引发芸豆落花落荚，因此花期一定要不浇或者少浇水。
第三、花期要重点补硼。
第四、要控药，芸豆忌用嘧霉胺、代森锰锌、乙霉威成分的药剂，铜制剂也应减半使用，芸豆花期对农药敏感，常易发生药害，以嘧霉胺尤甚。
芸豆烂根病害防治：
1、枯萎病
该病在生育早期显病较轻，自初花期开始显病，主要症状为植株叶片自下而上变黄，叶脉变褐，容易发生落叶现象。生育中后期轻则茎部一侧维管束变褐色，重则全部变褐色，植株根量少，容易拔出，根变色腐烂。该病在棚室内湿度大与连续种植时发生严重。
2、茎基腐病
该病多从茎基部发病，发病初期出现看凹陷白红褐色溃疡病斑，病菌扩展到茎内组织时，茎内组织变成红砖色。防治该病要物理防治与化学防治相结合。
3、链孢根腐病
病害发生初期，病部呈水渍状红褐色斑点，后变为暗褐色或黑褐色病斑，稍凹陷或开裂，以后逐渐扩展，致使主根腐烂或坏死，拔出时纵剖病根，维管束呈红褐色，湿度大时，茎基部呈粉红色霉状物。
4、生理病害
芸豆枯萎病是芸豆的主要病害之一。发病初期症状不明显，仅表现植株矮小，生长势弱，到开花结荚才显出症状。开始植株下部叶变黄、叶缘枯萎，但不脱落。若拔出植株解剖后可见茎下部及主根上部有黑褐色伤口、稍凹陷，维管束变为暗褐色，中间脊髓枯竭并发白。当维管束全部变褐时，植株死亡。
该病发生与温湿度有密切关系，发病的最适宜温度为24℃－28℃，相对湿度80%。低洼地势，平畦种植，大水漫灌，肥力不足，管理粗放是诱发此病的主要因素。特别是在棚室栽培，因减少了病原菌越冬的困难，发病更为突出。
芸豆枯萎病的防治措施是选择抗病优良品种，实行轮作倒茬，避免连作。采用营养钵护根育苗，减少侵染机会。土壤消毒：每亩可用50%的多菌灵悬浮液2.5公斤，对水250公斤，浇灌，待土壤水渗后播种或定植。