厄尔尼诺气候现象以严重影响全球食物生产，导致粮食价格上涨而著称，但现在它的影响似乎不仅仅于此，影响的范围还包括了捕鱼业，能源价格以及家禽供应等等。
世界气象组织的报告说，1997年~1998年度的厄尔尼诺现象影响气候最严重的地区是热带和亚热带地区、南太平洋东部地区和南美洲的中部。全球大部分热带地区出现降雨量明显异常。
智利北方的沙漠地区一年中几个月连绵阴雨。6、7月间的暴雨使厄瓜多尔、秘鲁和智利不少地区受灾。10月上旬“保利娜”飓风的能量和破坏力之大超过以往纪录，造成20多年来最严重的灾害，有25万人受灾。在亚太地区，东南亚、南亚及澳大利亚1997年发生了程度不同的旱情，其中一向雨水丰沛的印尼旱情为近50年所罕见。印尼发生1000多起森林火灾，持续数月不息，这和当地严重的旱灾直接相关。在非洲中南部，旱情异常严重。欧洲也出现了罕见的暴风雪、暴雨和干旱。
厄尔尼诺现象严重的年份，东南信风减弱，太平洋南赤道暖流也相应减弱，太平洋中、东部向西流动的暖性海水明显减少，甚至东流。这一异常现象，一方面导致南美太平洋沿岸海水上涌减弱或停止，水中营养物质大量减少；另一方面使太平洋东部表层海水温度升高。由于南美太平洋沿岸温度升高和海水营养物质减少，导致浮游生物骤减、鱼类与鸟类大量死亡。同时，表层海水温度的变化对热带太平洋东西两岸的气候带来严重影响。热带太平洋东岸地区因海水温度升高，上升气流活跃，降水增多，引发洪涝灾害；而热带太平洋西岸地区因暖性海水减弱，表层海水温度相对下降，下沉气流活跃，降水减少，导致旱灾。
厄尔尼诺的形成发展说明，大气圈、水圈和生物圈是相互作用的，大气环流的改变，引起洋流的变化，从而导致海洋生态系统的破坏；而洋流的改变，表层海水温度的变化，有反作用于大气圈，引起降水异常。
厄尔尼诺对全球气候的影响
厄尔尼诺的气候影响首先是台风减少，厄尔尼诺现象发生后，西北太平洋热带风暴（台风）的产生个数及在我国沿海登陆个数均较正常年份少。
其次是我国北方夏季易发生高温、干旱，通常在厄尔尼诺现象发生的当年，我国的夏季风较弱，季风雨带偏南，位于我国中部或长江以南地区，我国北方地区夏季往往容易出现干旱、高温。1997年强厄尔尼诺发生后，我国北方的干旱和高温十分明显。
第三是我国南方易发生低温、洪涝，在厄尔尼诺现象发生后的次年，在我国南方，包括长江流域和江南地区，容易出现洪涝，近百年来发生在我国的严重洪水，如1931年、1954年和1998年，都发生在厄尔尼诺年的次年。我国在1998年遭遇的特大洪水，厄尔尼诺便是最重要的影响因素之一。
厄尔尼诺对经济的影响：
第一，气候的变化对农作物的影响。农作物种植需要在良好的自然气候、湿度、土壤、温度等条件下。厄尔尼诺可能会让气候更加炎热或干旱，这都不利于农作物。因而，农产品价格可能会上涨，投资者也可能会抛售黄金购买日常必需农作物食品。
第二，大宗商品价格可能会波动。大豆等农作物产品种植成本提高，价格可能会上涨。
第三，黄金价格承压。厄尔尼诺现象可能会影响到黄金市场，购买黄金需求下降了，投资者出售黄金。黄金价格可能会下降。
第四，清热解暑的药材或空调销量或增加。印度一些地区气温达到48度。人们可能会购买一些清热解暑的药材，空调、电扇、绿豆、茶叶、冰袋等，清热解暑相关产品销量或上升。
厄尔尼诺对人类的影响有：
首先，厄尔尼诺对全球不同地区的影响并不相同，此处洪涝，彼处干旱；这边厢高温、那边厢雪暴。厄尔尼诺不是一种特定的灾难，而是一个让全球气候整体“紊乱”、“失调”的契机。
其次，厄尔尼诺现象本身，只是一块儿不大的海域的温度异常，却能通过海洋对大气的加热，改变大气环流，从而影响到不同的天气系统，最终让各地天气都发生变化。这种“海气不分家”的威力，虽然间接却很强大，甚至在厄尔尼诺结束后余威仍在。
第三，厄尔尼诺虽然威猛，但也很难说某地某时某种灾难就完全是由它一手造成。比如我国1998年的大洪水，也与冷空气势力增强南下有关。所以，即使同样强度的厄尔尼诺事件再次发生，也未必会有一模一样的灾难降临，因为还有其他因素在加强或者削弱着厄尔尼诺的力量。
厄尔尼诺造成的破坏在农业方面主要体现在农产品的市场，受灾最大的农作物通常是棕榈油、可可、咖啡和甘蔗稻米以及小麦等。其中经济作物明显受到厄尔尼诺影响减产严重，像是小麦，欧盟27国、美国和加拿大的减产非常明显，而中国、印度和俄罗斯的减产率也是比较高的。
在通常情况下，厄尔尼诺持续时间越长，温度偏高得越多，对农业影响越大，强厄尔尼诺事件很可能会导致全球粮食减产。在历史记录中，1982年至1983年和1997年至1998年发生两次强厄尔尼诺事件，世界上许多国家发生了严重的旱涝灾害，导致全球粮食减产20%左右。1997年至1998年，受百年罕见厄尔尼诺现象影响加上季风和大气环流等因素，造成我国气候异常，全国大部分地区气温偏高。1997年，我国北方发生特大干旱，导致秋粮减产500多亿斤，油料减产近100万吨。
厄尔尼诺现象，影响海洋航行的速度与安全。顺着洋流航行可以加快速度，节省燃料，节省时间；逆着洋流航行会减慢速度，浪费时间，浪费燃料。寒、暖流的交汇处容易形成海雾，从而不利于海上航行。从北极地区南下的洋流也会携带海冰，威胁海上航行安全（如泰坦尼克号撞冰山事件）。
科学家们认为，厄尔尼诺现象的发生与人类自然环境的日益恶化有关，是地球温室效应增加的直接结果，与人类向大自然过多索取而不注意环境保护有关。
根据对近百年来太阳活动变化规律与厄尔尼诺关系的研究，科学家发现太阳黑子减少期到谷值期是厄尔尼诺的多发期，并有2至3次厄尔尼诺发生。
997年春夏之交开始沸腾的赤道“气候开水壶”——厄尔尼诺，以其来势之凶、发展之快、强度之大、危害之重堪称百年之首，已被人民日报等新闻单位评为十大国际新闻之一，并且受到我国及世界各国高层决策者及环境、经济学家的密切关注。
进入20世纪70年代后，全世界出现的异常天气，有范围广、灾情重、时间长等特点。在这一系列异常天气中，科学家发现一种作为海洋与大气系统重要现象之一的“厄尔尼诺”潮流起着重要作用。
“厄尔尼诺”是西班牙语的译音，原意是“神童”或“圣明之子”。相传，很久以前，居住在秘鲁和厄瓜多尔海岸一带的古印第安人，很注意海洋与天气的关系。他们发现，如果在圣诞节前后，附近的海水比往常格外温暖，不久，便会天降大雨，并伴有海鸟结队迁徙等怪现象发生。古印第安人出于迷信，称这种反常的温暖潮流为“神童”潮流，即“厄尔尼诺”潮流。
厄尔尼诺暖流，太平洋一种反常的自然现象，在南美洲西海岸、南太平洋东部，自南向北流动着一股著名的秘鲁寒流，每年的11月至次年的3月正是南半球的夏季，南半球海域水温普遍升高，向西流动的赤道暖流得到加强。恰逢此时，全球的气压带和风带向南移动，东北信风越过赤道受到南半球自偏向力（也称地转偏向力）的作用，向左偏转成西北季风。西北季风不但削弱了秘鲁西海岸的离岸风——东南信风，使秘鲁寒流冷水上泛减弱甚至消失，而且吹拂着水温较高的赤道暖流南下，使秘鲁寒流的水温反常升高。这股悄然而至、不固定的洋流被称为“厄尔尼诺暖流”。