其一，草甘膦使用不当，会对果树产生直接药害。当草甘膦不慎飘落在果树上时，绿色部位(主要是叶片)药液集中处会变黄，变红，最后变褐枯萎死亡。
其二，土壤残存部分草甘膦，会对果树产生间接药害。作为内吸传导型除草剂，部分残留在土壤中未钝化的草甘膦可以经由根系吸收传导至整株，影响植株的正常生理功能。
如柑橘受害常表现为新叶新芽生长受到抑制，伸长生长缓慢；葡萄新叶增厚、节间距离缩短、果实僵硬等。
值得一提的是，部分果树本就根系较浅，此外一些果园由于施肥等原因造成根系上浮，这都使根系与草甘膦残留区域接触密集，若阴雨天用药，危害亦更甚。
其三，草甘膦还会影响根系对养分的吸收和传导。草甘膦易与土壤中的铁、锌等金属离子结合，铁，所以长期使用草甘膦有可能造成土壤中铁、锌等元素缺乏，造成果树缺素。同时，草甘膦浓度偏高时本身也会对果树的根系产生胁迫。
草甘膦接触绿色组织后才有杀伤作用。由于各种杂草对草甘膦的敏感度不同，因而用药量也不同。
1.果园、桑园等除草 防除1年生杂草每亩用10%水剂0.5-1公斤，防除多年生杂草每亩用10%水剂1-1.5公斤。对水20-30公斤，对杂草茎叶定向喷雾。
2.农田除草 农田倒茬播种前防除田间已生长杂草，用药量可参照果园除草。棉花生长期用药，需采用带罩喷雾定向喷雾。每亩用10%水剂0.5-0.75公斤，兑水20-30公斤。
3.休闲地、田边、路边除草 于杂草4-6叶期，每亩用10%水剂0.5-1公斤，加柴油100毫升，兑水20-30公斤，对杂草喷雾。
4.对于一些恶性杂草，如香附子芦苇等，可每亩地按照200克加入助剂，除草效果好。
甘草磷是灭生性除草剂，药性比较强，药害残留周期长，一旦出现药害，植物的茎叶会首先表现出药害，然后是根部，会出现根部发黑、腐烂等现象。口腔黏膜、咽喉受刺激，有疼痛感和轻度灼伤溃烂；经口摄入中毒的主要症状，除口腔黏膜红肿外，常有恶心、呕吐、上腹痛，严重者尚有消化道出血及腹泻；经口中毒的严重病例，易发生吸入性肺炎及（或）肺水肿，出现咳嗽、胸闷和呼吸困难，严重者可因呼吸衰竭致死。
其治疗方法有以下几点:
第一，不慎吸入，应将病人移至空气流通处，保持呼吸道通畅;
第二，不慎接触皮肤或溅入眼睛，应用大量清水冲洗至少15分钟;
第三，若误服，应立即携此标签将病人送医院诊治。