蓝藻水华是水体中的蓝藻快速大量增殖形成肉眼可见的蓝藻群体或者导致水体颜色发生变化的一种现象，严重时可在水体表面漂浮积聚形成一层绿色的藻席，甚至藻浆，蓝藻水华发生的根源主要在于水体富集了过多的氮、磷等营养物质，是水体富营养化的另外一种表现形式。近年来，蓝藻水华在养殖水体中呈现高发、频发、暴发态势。
蓝藻发生原因
1、水温：蓝藻的生长速度随着水温的升高而加快。在常温条件下，一些有益的单细胞藻类生长速度并不比蓝藻慢，只有当气温达到20℃以上，水温25-35℃时，蓝藻的生长速度才会比其他藻类快。所以受其它藻种的生长制约，蓝藻并不可能在常温条件下大规模暴发，只有进入高温季节，蓝藻的生长速度优势才会体现出来。所以温度是蓝藻暴发的主要因素之一。
蓝藻的暴发性繁殖是水体富营养化的直接后果，水体富营养化分为天然富营养化与人为富营养化，天然富营养化是指湖泊营养物质的天然富集，需要千年甚至万年的演化过程。据说当年诸葛亮的军队就是喝了兵士所说的“绿色的河水”，中毒而兵败川南。有关研究认为,这种“绿色的河水”就是天然富营养化造成蓝藻暴发的河水，而目前出现的蓝藻暴发主要原因是人为富营养化造成的。
随着人类对环境资源的开发利用活动日益增加，工业的发展以及城市人口的高度集中，大量含有污染物质的工业废水和生活污水未经适当处理便排入水体，使水体中氨氮、磷以及有机污染物等耗氧物质浓度的升高，增加了水中的营养物质的负荷量;而为了提高农作物的产量，施用化肥逐年增加，经过雨水的冲刷和渗透，有更多的营养物质流失而进入水中，也增加了水中的营养物质的负荷量;在水产养殖方面，为达到渔业高产，一些地区采用投放饵料的方法，这也成为水体接纳氮、磷等营养物质的主要渠道。
引起水华的有蓝藻(现称为蓝细菌)、绿藻、硅藻等。其中蓝藻有鱼腥藻、束丝藻、鞘丝藻、微囊藻、节球藻、颤藻、浮颤藻等。
蓝藻水华的危害
人类的生活离不开水，大规模的蓝藻爆发，会引起水质的恶化，最直接的影响就是造成饮用水的严重污染，对人们的健康和生活产生极大的影响。蓝藻水华在治理后的相当长的一段时间内，水域的水是无法作为饮用水源的，太湖爆发蓝藻水华后，虽然得到了有效的治理，但在2013年的监测数据显示出，太湖水域的饮用水源地水质多为Ⅱ、Ⅲ类为主，32%以上的水体不能达到饮用水的要求，甚至局部地区的饮用水源地水质低于Ⅳ类水。由此可见，蓝藻水华的爆发，即使是在处理后的几年中，对人们生活中的饮用水的影响也是极为严重的。
1、消耗水体溶解氧
当养殖水体中的蓝藻形成水华时，一方面严重抑制了浮游植物因光合作用所产生的氧气，另一方面也阻隔了空气中的气氛进入养殖水体，因而导致养殖水体中溶解氧严重不足，长时间出现缺氧或者亚缺氧状态，使养殖水体持续恶化，从而直接或间接的加剧了药害事故的频繁发生。
2、降低生物多样性
当养殖水体中的蓝藻形成绝对优势种群时，蓝藻的过度增殖加剧了养殖水体通风及光照条件的持续恶化，抑制了养殖水体中有益浮游生物的生长繁殖、阻碍了其它藻类的光合作用，使养殖水体中的丝状藻类和浮游藻类等不能合成本身所需要的营养物质而死亡。
3、产生有毒有害物质
蓝藻大量死亡时会产生蓝藻毒素、大量羟胺及硫化氢等有毒有害物质严重败坏养殖水体，直接危害养殖动物，间接通过食物链影响人类身心健康;另外死亡的蓝藻释放大量有机质，散发腥臭味，刺激了化能异养细菌的滋生，其中大部分化能异养细菌对水产养殖动物来说并不是有益菌，而是致病菌，从而进一步导致继发感染细菌性疾病的发生。
蓝藻水华中产生大量有毒有害物质。会产生蓝藻毒素、大量羟胺及硫化氢等有毒有害物质，严重败坏养殖水体，直接危害养殖动物，间接通过食物链影响人类身心健康;另外死亡的蓝藻释放大量有机质，散发腥臭味，刺激了化能异养细菌的滋生，其中大部分化能异养细菌对水产养殖动物来说并不是有益菌，而是致病菌，从而进一步导致继发感染细菌性疾病的发生。
蓝藻大量繁殖恶化了水中的通风、光照、缺氧;导致水中浮游生物的生长繁殖，从而阻碍水藻的光合作用。减少了鱼类的生存空间，使与池中的丝状藻和浮游藻等不能合成本身所需要的营养而导致死亡。
由于缺氧甚至无氧且水质变坏，蓝藻中有些种类(如微囊藻)还会产生毒素(简称MC)，大约50无的绿潮中含有大量MC。MC除了直接对鱼类、人畜产生毒害之外，是强烈的致癌物质,也是肝癌的重要诱因;直接威胁着人类的健康和生存;而且MC耐热，不易被沸水分解，但可被活性碳吸收，所以可以用活性碳净水器对被污染水源进行净化。
目前治理蓝藻有各种方法，概括起来有以下几种：
第一，生物防止法。蓝藻是淡水鱼类的食物，因此可以通过投放此类鱼苗治理藻类，防止藻类暴发
第二，生物浮床法。利用吸附藻类的植物和其他生物控制水体中的营养物质，抑制藻类过量繁殖，从而建立生态平衡系统。
第三，机械捞法。这是最原始和传统的办法，即用人力将蓝藻连水带藻一起捞出。优点是打捞彻底，缺点是对于大面积蓝藻治理仍难奏效。
第四，化学法。即用化学药物杀灭方法，一般用硫酸铜。早期海洋赤潮治理也常用硫酸铜，效果较好。但二价铜离子对生物幼体的变态具有致畸性，并引起饵科藻类的严重脱落，同时，硫酸铜具有毒性，能破坏水体正常的生态系统。
第五，微生物菌除藻。将自然状态活性污泥中的有益菌种进行菌群筛选、分离出来，喷雾干燥后获得高密度菌粉，再通过工厂化大规模生产，附着到专利填料上，形成高效处理系统。