1.花叶病（黄瓜花叶病CMV） 病毒病害。受害叶片呈花叶状，带浅黄色斑，叶片皱缩，果缩小、畸形，果皮变厚变硬，果肉少或无。蚜虫传播。在冷凉干燥季节发病较多。防治：①培育无病毒苗术；②消灭传染媒介蚜虫（桃蚜、棉蚜、玉米蚜等），清除病叶、病株；③加强栽培管理，提高植株抵抗力；④果园附近不种香蕉或各种瓜类或茄果类蔬菜。
2.疫病（Phytophthora nicotianae var. parasitica） 真菌病害。小苗受害后，初期在茎、叶上出现水渍状病斑，病斑迅速扩大，导致叶片脱落或整株死亡。大田病株嫩梢变色枯死，叶片变棕褐色坏死，形成水渍状大斑，果实也形成灰绿色水渍状大斑，均极易脱落，病株主蔓可发展形成环绕枝蔓的褐色坏死圈或条状大斑，最后整株枯死，在高温潮湿天气，病部生稀疏的白霉（病原菌）。防治：①喷施30%氧氯化铜300倍液，每10-14d 一次；②严格选取健康枝蔓育苗。
病征及发生生态：
炭疽病可为害百香果叶片、枝条及果实。病原菌炭疽病为害叶片时 初期呈淡绿色水浸状小斑点，以后病斑逐渐扩大，病斑颜色逐渐加深， 后期转成黑褐色，病斑部向下凹陷，其上密布黑色颗粒，为病原菌之分生 孢子盘；由于分生孢子形成受光照影响，致病斑部呈轮纹状，严重时叶片 干枯、脱落；栽培环境湿度高、台风过后叶片受伤或向阳部位长日照位 置之叶片发生较为严重。
幼嫩叶片或生长势较衰弱叶片被害时，病原菌 由葉缘侵入而引起叶缘焦枯，严重时向内侧葉肉扩展，一般不造成落叶； 枝条被害时，以幼嫩枝蔓及徒长枝较易被感染，初期产生黑色斑点，以后 逐渐扩大而形成长纺锤状病斑，长度可达2公分，病斑部皮层凹陷并逐渐 扩展至枝干的木质部，后期罹病组织龟裂，严重时引起枝条枯死。
1、猝倒病
猝倒病发生在幼苗期，它的发病时，植株茎部有水渍状，并迅速扩散，直至植株茎干萎焉倒伏与地面，如果地面湿度较大，植株周围还会长出一层白色的霉斑，之后叶、根全部腐烂死亡。
防治方法：播种育苗时选择地势较高、地下水位低、排水性能好的地块，种植前对种子和土壤消毒灭菌，幼苗时定期喷洒稀释的磷酸二氢钾预防病害。另外幼苗期要注意通风透光性，浇水要根据土壤和气候而视。
2、花叶病
花叶病为世界性病毒病害，不仅仅在百香果上出现，发病时叶片开始褪色并出现病斑，严重时叶片会卷缩变形，在开花时也会导致花朵畸形，花朵稀少。植株生长弱势、矮化，结果极小。
防治方法：培育无病毒、抗病性强的植株，加强管理，增加植株抵抗力，花叶病是由很多虫类传播，所以消灭传染媒介蚜虫等虫类，发现病叶、病株及时清理。
百香果苗病害通常指的就是猝倒病，百香果猝倒病又叫倒苗，是百香果生长期间出现的一种真菌性病害，容易造成幼苗的大量死亡，影响农户们的种植效益。
危害症状：
百香果幼苗的茎基部呈水渍状变软，使之迅速萎蔫，最后茎基部呈线状缢缩。有时子叶尚未表现症状即已倒伏，故名猝倒病，一般在土表处折倒，严重时会成片倒伏死亡。
传播途径：
猝倒病病菌一般在土壤中越冬，通过灌水或土壤耕作传播，并且生长适温范围较大。主要在幼苗生育状况不良、抗逆性差时发病。
防治方法：
1、选用抗病百香果品种，在播种前做好消毒工作，可用35%甲霜灵拌种剂，以种子量的0.3%进行拌种。
2、用干净土壤育苗，并做好土壤消毒，淋水要适当，避免土壤过湿，加强苗期管理增强幼苗抗逆性，并做好育苗场地排水工作。