赤潮的生物防治主要是通过微生物、大型海藻、克生性植物、滤食性贝类、浮游动物、红树林等来净化海水或杀灭赤潮藻类。但技术还不够成熟,目前大部分还处在实验室研究阶段。因为要将它们应用到海洋中必须考虑杀藻作用与种属特异性、投放量、投放时间、海水营养程度等因素。
赤潮生物的危害：一些赤潮生物可以产生毒素，当这些生物被捕食者摄食之后，毒素会在捕食者体内积聚，当人类食用后有可能发生食物中毒事件(多为食用贝类引发，因此通常叫做贝毒)。这些毒素根据中毒后所产生的症状，分为六大类，分别是：记忆缺失性贝毒(Amnesic Shellfish Poisoning, ASP、西加鱼毒(ciguatera fish poisoning, CFP)、腹泻性贝毒(diarrhetic shellfish poisoning, DSP)、神经性贝毒(Neurotoxic Shellfish Poisoning, NSP)、麻痹性贝毒(Paralytic Shellfish Poisoning, PSP)、和氨代螺旋酸贝类毒Azaspiracid Shellfish Poisoning(AZP)
形成赤潮的主要原因是海水中红藻等大量迅速地生长所致。
红藻绝大部分海生，见于热带和亚热带海岸附近，常附著于其他植物。叶状体有丝状、分枝状、羽状或片状。细胞间连以纤细的原生质丝。除叶绿素外，尚含藻红素和藻蓝素，故常呈红色或蓝色。红藻的生殖细胞不能运动。雌性器官称果孢，由单核区和受精丝构成。不动精子在精子囊中单生。重要的食用红藻(如紫菜、掌状红皮藻)煮熟后仍保持其色泽及胶体性质。工业上，角叉菜属(Chondrus)红藻作为明胶的代用品用于布丁、牙膏、冰淇淋及保藏食品中。珊瑚藻属(Corallina)的某些种在形成珊瑚礁与珊瑚岛的过程中起重要作用。主要由江蓠属(Gracilaria)和石花菜属(Gelidium)红藻制备的琼脂是细菌和真菌培养基的重要成分。
海域赤潮变色且多为红色；海水污染严重，海水富营养化，浮游生物大量增加，鱼虾等海洋生物大量死亡；海水温度升高；海域封闭，潮流缓慢。半封闭的港湾（不利于污染物的扩散）、纬度较低（光热充足，利于微生物的繁衍）、河流入海口附近（河流带来大量营养盐类或污染物）。我国渤海湾、珠江口及南部沿海地区易发生赤潮。
2007年上半年，全海域赤潮发生次数和累积面积较上年同期有较大幅度的减少。东海仍为中国赤潮的高发区，较大面积赤潮集中在长江口外、浙江中南部和福建沿海海域。上半年共发现赤潮44次，较上年同期减少约32%；赤潮累计面积约3646平方公里，较上年同期减少约77%。
引发赤潮的生物种类主要为具有毒害作用的米氏凯伦藻、棕囊藻、赤潮异弯藻和无毒性的中肋骨条藻、夜光藻等，一些赤潮是由两种或两种以上赤潮生物共同形成。
海水的温度是赤潮发生的重要环境因子，20—30℃是赤潮发生的适宜温度范围。南海海区以3月至5月份及8~11月最为多见，东海海区则主要发生在5月至7月份。
有关赤潮发生时间，主要是研究几个方面就可以了：较多的营养物质（富营养化），包括海洋污染、河流的污染、农田退水等；较高的水温条件，有利于藻类的繁殖（一般在夏季，纬度高的海域发生赤潮的季节短）；较小的风浪，不利于海水交换。赤潮在各海区发生的时间略有差异，其特点是南海海区以3月至5月份及8~11月最为多见，东海海区则主要发生在5月至7月份。
赤潮又称红潮，国际上也称其为“有害藻类”或“红色幽灵”。是在特定的环境条件下，海水中某些浮游植物、原生动物或细菌爆发性增殖或高度聚集而引起水体变色的一种有害生态现象。
赤潮生物死亡后，藻体在分解过程中大量消耗水中的溶解氧，导致鱼类及其它海洋生物因缺氧死亡，使海洋的正常生态系统遭到严重的破坏；鱼类吞食大量有毒藻类，可致鱼类死亡；有些藻类可分泌毒素，毒素通过食物链严重威胁消费者的健康和生命安全。
受赤潮影响贝类不能吃，海螺也不能吃，海螺也是贝类的一种，为了身体健康，只要受到赤潮影响的就别去吃。
现在以青岛为例，整个2013年整体海水环境改善。2013年全海域共发现赤潮46次，累计发生面积4070平方公里，渤海湾赤潮发现次数和累计面积为近5年来最少。但目前的4月份，仍处于赤潮多发期，赤潮多发区集中于东海海域。有毒有害赤潮发生比例呈增加趋势。
海洋是一个完整的水体。海洋本身对污染物有着巨大的搬运、稀释、扩散、氧化、还原和降解等净化能力。但这种能力并不是无限的，当局部海域接受的有毒有害物质，超过它本身的自净能力时，就会造成该海域的污染。
海洋中有330多种浮游生物能形成赤潮，有毒的种类大约有80多种，目前在中国沿海海域的赤潮生物约有150种。
预防海洋赤潮的措施：从某些生物中提取生理活性物质，用以杀灭赤潮是近几年来的一个研究方向。例如，1986年，日本筑波大学化学系柿尺宽和楠见武德的研究小组，从海蕴(Nemacystus)中萃取了一种能防止赤潮的生理活性物质，这种活性物质为高度不饱和脂肪酸十八烷四烯酸，试验表明，1×10-6mL/L的该物质浓度在1分钟内就能杀死引起赤潮的浮游生物，并且对其它生物无害。此外，还从束毛藻中提取了另一种生理活性物质十八碳五烯酸(在沙丁鱼油中也含有此种物质，可大量廉价生产)，同样对防治赤潮具特殊效果，1986年在和歌山县水产养殖场试验，结果表明每升水中具有几毫克的该物质即可见成效。
权威专家根据赤潮灾害发生的空间位置、水动力、营养物质来源等因素,将赤潮灾害类型划分为河口型、海湾型、养殖型、沿岸流型、上升流型和外海型六类。对赤潮灾害记录分析表明,河口型赤潮的发现次数占总数的30%,海湾型赤潮占29%,养殖型赤潮占27%,沿岸流型和上升流型均各占6%,外海型赤潮最少,只占2%。
我国赤潮的分布特征：半封闭的港湾(不利于污染物的扩散)、纬度较低(光热充足,利于微生物的繁衍)、河流入海口附近(河流带来大量营养盐类或污染物)。我国渤海湾、珠江口、杭州湾、渤海、及南部沿海地区易发生赤潮。
温馨提示：食药部门提醒各经营企业、餐饮单位、消费者，在购买贝类等水产品时，应选择大型、正规的超市或市场购买，尽量避免购买来自赤潮地区的贝类。沿海地区的消费者在毒素暴发高峰期不要采捕和购买食用野生的贝类。