铜绿假单胞菌为条件致病菌，完整皮肤是天然屏障，活力较高的毒素亦不能引起病变，正常健康人血清中含有调理素及补体，可协助中性粒细胞和单核细胞巨噬细胞吞噬及杀灭铜绿假单胞菌，故亦不易致病;但如改变或损伤宿主正常防御机制，如皮肤黏膜破损、留置导尿管、气管切开插管，或免疫机制缺损如粒细胞缺乏、低蛋白血症、各种肿瘤患者、应用激素或抗生素的患者，在医院环境中常可从带菌发展为感染。烧伤焦痂下，婴儿和儿童的皮肤、脐带和肠道，老年人的泌尿道，常常是铜绿假单胞菌败血症的原发灶或入侵门户。
铜绿假单胞菌有多种产物有致病性，其内毒素是引起脓毒综合征或系统炎症反应综合征(SIRS)的关键因子，不过由于铜绿假单胞菌内毒素的含量较低，故在发病上的作用要小于肠杆菌科细菌。其分泌的外毒素A(ExoA)是最重要的致病、致死性物质，进入敏感细胞后被活化而发挥毒性作用，使哺乳动物的蛋白合成受阻并引起组织坏死，造成局部或全身疾病过程。铜绿假单胞菌尚能产生蛋白酶，有外毒素A及弹性蛋白酶同时存在时则毒力最大;胞外酶S是铜绿假单胞菌所产生的一种不同于外毒素A的ADP核糖转移酶，它可以破坏细胞骨架，从而促进铜绿假单胞菌的侵袭扩散，感染产此酶的铜绿假单胞菌患者，可有肝功能损伤而出现黄疸。此外，如碱性蛋白酶、磷酸酶、细胞毒素等铜绿假单胞菌外毒素亦常是造成组织破坏、细菌散布的重要原因。
1.一般、局部治疗
积极处理各种原发病灶如烧伤、支气管炎等。对化脓病变严重的组织实施引流、清创术或切除;对脓疮和脓胸应实施引流;感染的内置装置(包括血管导管)应予以去除;出现铜绿假单胞菌心内膜炎严重时应进行瓣膜置换术。
2.药物治疗
严重铜绿假单胞菌属感染的治疗应采用敏感药物联合治疗，剂量与疗程决定于感染部位与感染严重程度，若是慢性感染或有病灶处解剖结构的破坏，疗程常需数周乃至数月。目前，作用较强的抗菌药物有半合成青霉素，如阿洛西林和哌拉西林，其中以哌拉西林为最常用。第三代头孢菌素中以头孢他啶、头孢哌酮的作用较强。其他β内酰胺类药物中亚胺培南及氨曲南;氨基糖苷类如庆大霉素、妥布霉素、阿米卡星和异帕米星;氟喹酮类如氧氟沙星、环丙沙星及氟罗沙星等都有一定作用。铜绿假单胞菌具有天然和获得性耐药性，其对抗菌药物广泛耐药，并且耐药率有明显上升。故一旦细菌培养阳性，应即进行药敏测定，根据药敏测定结果选择用药方案。在获得抗菌药物敏感性试验结果之后，药物联用与单药治疗相比，患者病死率无显著差异。但有研究表明单用氨基糖苷类抗菌药物治疗铜绿假单胞菌感染无效，故在选择单药治疗时如有其他药物可供选择，不要单用氨基糖苷类抗菌药物治疗铜绿假单胞菌感染，在病情严重时选择联合用药。
1.败血症 铜绿假单胞菌败血症多继发于大面积烧伤、白血病、淋巴瘤、恶性肿瘤、气管切开、静脉导管、心瓣膜置换术及各种严重慢性疾病等的过程中。本菌引起的败血症约占革兰阴性杆菌败血症7%～18%，居第3或第4位，病死率则居首位。
2.呼吸道感染 原发性铜绿假单胞菌肺炎少见，常继发于宿主免疫功能受损后，尤其易发于原有肺部慢性病变基础上，如慢性支气管炎、支气管扩张、气管切开、应用人工呼吸机后。常伴慢性咳嗽、咳痰以及进行性肺功能减退。
3.心内膜炎 常发生于原有心脏病基础上，心脏手术、瓣膜置换术后。药物治愈率低，即便在敏感的抗菌药物治疗下治愈率仍不足30%，故应及早手术切除赘生物并置换病变瓣膜。
4.尿路感染 假单胞菌是医院内泌尿道交叉感染的常见菌，占院内感染尿路分离菌的第二位。
对铜绿假单胞菌作用较强的抗菌药物有半合成青霉素，如：阿洛西林和哌拉西林，其中以哌拉西林为最常用。第三代头孢菌素中以头孢他啶、头孢哌酮的作用较强。其他β-内酰胺类药物中亚胺培南及氨曲南;氨基糖苷类如：庆大霉素、妥布霉素、阿米卡星和异帕米星;氟喹酮类如：氧氟沙星、环丙沙星及氟罗沙星等。建议使用“头孢他啶”或者“氧氟沙星”治疗铜绿假单胞菌感染的疾病。
对全身性感染或粒细胞缺乏的病人，应该用一种对铜绿假单胞菌有效的氨基糖苷与一种抗假单胞菌青霉素合用。对嗜中性白细胞减少并且肾功能处于边缘状态的病人,可用非氨基糖苷类联合疗法，例如双重β-内酰胺或β-内酰胺加一种氟喹诺酮，也是安全的。尿路感染常可用羧茚苄青霉素或环丙沙星或其他氟喹诺酮类药物治疗。但氟喹诺酮类不应该用于儿童，因为该药对软骨有不良作用。两种抗假单胞菌药物合用时，在治疗过程中出现耐药菌株的机会明显减少。